Rund 20 Mitarbeitende der Appenzeller Bahnen sorgen täglich für saubere Züge sowie Bahnhöfe und Haltestellen. Neben der Reinigung trennen und sammeln die Mitarbeitenden auch Wertstoffe und entsorgen den Restmüll umweltgerecht. Die Appenzeller Bahnen versuchen Abfälle, wo immer möglich, zu vermeiden oder zu reduzieren. An den stark frequentierten Bahnhöfen stehen den Kundinnen und Kunden Recyclingstationen zur Verfügung. Damit sollen möglichst viele wertvolle Rohstoffe wie PET, Papier und Aluminium im Kreislauf gehalten werden. Je nach Möglichkeit sortieren die Mitarbeitenden den Restmüll aus den Abfalleimern und erhöhen so die Recyclingquote. Dank dieser Massnahmen recyceln die Appenzeller Bahnen pro Jahr rund 16'800 PET-Flaschen und etwa 650 Kilogramm Aluminium.