Der Fahrplan 2021 der Appenzeller Bahnen enthält einige wenige Anpassungen im Minutenbereich. Robustere Fahrzeiten in der Stadt St.Gallen gewährleisten eine bessere Fahrplanstabilität. Generell richtet sich der Fahrplan wie bis anhin an die ganztägig verkehrenden InterRegio und IC-Verbindungen nach Gossau, Flawil, Uzwil, Wil, Winterthur, Flughafen, Oerlikon, Zürich HB aus. Am Morgen werden zudem Anschlüsse an die InterCity nach Winterthur-Zürich-Genf sichergestellt. Die Nachfrageerhebung vom Dezember 2019 bestätigt diese Stossrichtung. Per 2022 wird die Haltestelle Güterbahnhof in Betrieb genommen.
